À la recherche des meilleures semences : le génotypage de SNP en combinant les dispositifs microfluidiques de Fluidigm et l’ASSIST PLUS

· Témoignage Client

À la recherche des meilleures semences : le génotypage de SNP en combinant les dispositifs microfluidiques de Fluidigm et l’ASSIST PLUS

 

Depuis la création de la société en 1913, les produits de Sakata Corporation jouissent d’une certaine popularité dans plus de 130 pays, et ses activités continuent de se développer sur les marchés existants et nouveaux. Le modèle commercial de Sakata repose sur la qualité. L’entreprise analyse en permanence la physiologie des plantes, les taux de germination, la santé des semences et les données génétiques afin de s’assurer de ne fournir que des semences de haute qualité aux clients.

L'équipe européenne de CQ, dirigée par Jean-Phillippe Pichaut, a donc été chargée d’installer de nouveaux laboratoires et de concevoir les workflows correspondants afin de permettre à l’entreprise de répondre en permanence à ses besoins et d’atteindre ses objectifs annuels de croissance des ventes. Jean-Philippe explique : « Une grande partie des activités quotidiennes du laboratoire consiste à extraire et à analyser l’ADN. Mais il s’agit d’un processus de préparation des échantillons délicat, qui peut prendre beaucoup de temps si l’on charge manuellement les échantillons sur les puces microfluidiques Fluidigm que nous devons utiliser. Malgré notre débit relativement faible, gérable lorsqu’il est effectué manuellement, nous savons que cela va bientôt changer. Selon les prévisions, notre activité annuelle devrait tripler d’ici trois ans, ce qui se traduira par une hausse exponentielle du nombre d’échantillons pour les tests de CQ. Nous devions donc nous assurer de pouvoir gérer cette charge de travail croissante de manière simple et efficace, et savions déjà que nous voulions utiliser la manipulation automatisée des liquides pour nos tests de génotypage à haut débit. C’est ainsi qu’a commencé notre quête de la solution idéale. »

Jean-Philippe Pichaut a découvert les produits INTEGRA suite à la recommandation d’un ancien collègue. Il a rapidement compris que les pipettes électroniques portatives VIAFLO 96 et le robot de pipetage ASSIST PLUS permettraient à sa petite équipe d’augmenter sa charge de travail selon les plans de croissance de l’entreprise, tout en s’intégrant sans effort aux workflows microfluidiques Fluidigm du laboratoire. Manon Vendredi, technicienne du laboratoire de génotypage, ajoute : « Nous avons acheté un système VIAFLO 96 pour nos processus d’extraction d’ADN, ainsi qu’un robot ASSIST PLUS équipé d’une pipette VOYAGER 8 canaux à écartement automatique des pointes. En combinant l’ASSIST PLUS à VOYAGER, nous pouvons transférer des échantillons d’ADN depuis des plaques à 96 puits vers presque tous les formats de puces microfluidiques, ce qui simplifie l’analyse sur notre analyseur PCR Biomark. L’équipe d’INTEGRA et les spécialistes des applications de Fluidigm ont travaillé en étroite collaboration avec nous pour nous garantir un workflow sans faille. Le résultat final est plus qu’idéal, facile à utiliser et cela ajoute un degré considérable d’évolutivité à nos flux de travail. Nous gagnons ainsi beaucoup de temps, sommes beaucoup plus rentables, et réduisons le nombre d’erreurs par rapport à un traitement manuel. »

Manon Vendredi at Sakata using the ASSIST PLUS pipetting robot to automate loading of microfluidic chips
Photo de Manon Vendredi, technicienne de laboratoire génotypage à Sakata utilise le robot de pipetage ASSIST PLUS pour automatiser le chargement des puces microfluidiques

Les avantages d’une solution automatisée

L’équipe du laboratoire est désormais plus à même de répondre aux exigences croissantes liées à l’expansion de l’entreprise : « Nous avons pu automatiser l’ensemble du processus, ce qui présente des avantages significatifs pour le personnel du laboratoire et soulagera la pression associée aux 300 000 extractions d’ADN que nous visons à réaliser chaque année », souligne Jean-Philippe Pichaut. Manon Vendredi ajoute : « Le VIAFLO 96 nous permet d’effectuer des extractions d’ADN sur chaque puits d’une microplaque en parallèle. De plus, grâce à la fonction automatisée de l’ASSIST PLUS, tout ce que nous avons à faire est de le configurer pour transférer les échantillons des puits de la microplaque vers les puces, puis de le laisser fonctionner. Nous pouvons être sûrs qu'une demi-heure plus tard, nous aurons trois puces remplies avec précision, prêtes à être chargées dans le système Fluidigm,. Cette configuration nous permet non seulement de réduire le volume d’échantillons et le coût des réactifs, mais également d’analyser plus de gènes simultanément. »

Grâce à la facilité d’utilisation des solutions INTEGRA, les avantages du pipetage automatisé ont dépassé le cadre des flux de travail du CQ. Jean-Philippe Pichaut poursuit : « Une fois que nous avions découvert à quel point les systèmes INTEGRA étaient faciles à utiliser, l’équipe était également impatiente de les utiliser dans notre laboratoire de pathologie pour préparer les plaques de qPCR. La transition s’est faite en douceur. C'était tellement simple qu'il ne leur a fallu que 30 minutes pour configurer ce protocole supplémentaire. Il n’a donc pas été nécessaire de faire appel à des spécialistes. Au départ, nous n’avions pas prévu d’utiliser l’équipement dans les deux laboratoires, mais, compte tenu des possibilités offertes par ce système, la décision a été facile à prendre. Toutes les opérations quotidiennes sont désormais plus efficaces et nous demandent beaucoup moins de travail, ce qui facilite largement la gestion de notre charge de travail à long terme. »

Assay loading onto the 192.24 Dynamic Array IFC with the ASSIST PLUS pipetting robot equipped with a VOYAGER electronic pipette.
ASSIST PLUS en service au laboratoire

Un partenaire fiable

« Certes, installer un tout nouveau laboratoire et mettre en place de nouveaux processus peut présenter de nombreuses difficultés. Mais nous savons que nous pourrons toujours compter sur l'aide d’INTEGRA et de Fluidigm à chaque fois que nous en aurons besoin. Les deux entreprises nous ont apporté un soutien considérable, de l’achat initial de l’équipement à sa mise en place, mais également pour les questions courantes. Nous avons ainsi la garantie que tout se déroulera sans difficulté. Travailler avec ces équipes est un pur plaisir car entrer en contact avec les bons interlocuteurs n'est jamais un problème », conclut Jean-Philippe.