Suite à la pandémie de coronavirus, SNP a été amené à analyser une énorme quantité d'échantillons, saturant ainsi la capacité de ses plateformes d'automatisation. Au même moment, le personnel a dû consacrer plus de temps à établir de nouveaux protocoles de tests de virus, souvent effectués manuellement ou avec des méthodes semi-automatisées afin d’accélérer les temps de réponse aux tests, les exposant ainsi à une augmentation de microtraumatismes. Le besoin supplémentaire d’instruments de manipulation automatisée des liquides était évident afin d’augmenter la capacité de traitement des échantillons, réduire l'intervention manuelle des analystes de laboratoire et accélérer le développement des tests pour l’analyse des échantillons COVID-19.

Travailler ensemble

Début mars 2020, Kelly Magin et James Sundholm, travaillant pour Bio Tools Pty Ltd, le distributeur australien d'INTEGRA, se sont associés avec Shane Byrne, chef du service scientifique du département de microbiologie et de pathologie moléculaire, pour l’aider à réaliser les tests COVID-19 sur les échantillons de patients en utilisant le robot de pipetage ASSIST PLUS. Un protocole de pipetage automatisé ASSIST PLUS a été développé et validé, permettant de préparer des échantillons sur des plaques de 384 puits à faible volume en vue d’un traitement ultérieur sur un instrument rapide d'amplification et de détection par PCR en temps réel, à haut débit et sur plaque. Une pipette à écartement réglable des pointes VOYAGER et des GripTips™ à faible rétention ont été utilisés pour transférer le Mastermix RT PCR en une étape depuis un réservoir de réactif SureFlo™ de 10 ml à faible volume mort (<20 µl) de sur une plaque à 384 puits. La pipette VOYAGER a également permis le transfert automatique et le reformatage de la matrice d'acide nucléique extraite de l'écouvillon ou des écouvillons floqués nasopharyngés/oropharyngés, à partir de 4 racks de tubes FluidX ™ 1,0 ml 96 au format 96 sur la plaque de 384 puits. Le volume total de la réaction de PCR a été réduit à 10 µl; 7,5 µl de Mastermix RT PCR en une étape et 2,5 µl de matrice d'acide nucléique. Cette miniaturisation a permis de doubler la capacité de test disponible et, parallèlement, de réduire la consommation de réactifs PCR RT onéreux dont la disponibilité diminue, avec des économies de coûts à la clé.

La description détaillée de l'application (en anglais) et les protocoles VIALAB adaptables peuvent être trouvés ici.

Définition du succès

SNP a validé avec succès le protocole automatisé par rapport à sa méthode de traitement manuelle existante, mis en œuvre à l'aide d'une pipette électronique portable. Les résultats se sont révélés reproductibles, précis et exacts, sans contamination observée dans les échantillons de contrôle ou ceux des patients. Le robot de pipetage ASSIST PLUS compact et facile à utiliser, accompagné d'un protocole validé, a été entièrement déployé en cinq jours ouvrables. Bien que le protocole actuel s’appuie sur des plaques à 384 puits, il peut être facilement adapté à un format 96 puits pour répondre aux besoins futurs.

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