Générer les plus grands ensembles de données scRNA-seq au monde grâce au pipetage automatisé
Séquençage d’ARN unicellulaire pour la découverte de médicaments
Tahoe Therapeutics (anciennement Vevo Therapeutics) a été fondée en 2022 dans le but d’utiliser le scRNA-seq pour créer le plus grand atlas au monde décrivant la manière dont les médicaments interagissent avec les cellules des patients. L’entreprise a déjà plusieurs programmes en cours en parallèle sur plusieurs types de cancer et se développe maintenant vers d’autres domaines thérapeutiques, notamment les maladies cardiovasculaires, métaboliques et neurodégénératives.
Tahoe Therapeutics a choisi cette approche car le scRNA-seq génère de plus grandes quantités de données que les flux de travail de séquençage conventionnels, comme l’explique Johnny Yu, cofondateur et directeur scientifique : « Le scRNA-seq permet de mieux comprendre les réponses aux médicaments de différents types de cellules, ce qui n’est pas facile à voir avec le séquençage en masse conventionnel. Nous utilisons une méthode à haut débit pour générer un grand nombre de données au niveau de la cellule unique, et notre premier ensemble de données, Tahoe-100M, était le plus grand jamais réalisé dans ce domaine. Cela a multiplié par deux le nombre de données publiques générées au cours de la dernière décennie. »
L’automatisation pour améliorer les flux de travail
Tahoe Therapeutics a développé ses propres essais biologiques en utilisant des modèles biologiques complexes. L’entreprise utilise les kits Evercode de Parse Biosciences pour effectuer le scRNA-seq, ce qui garantit une génération de données évolutive pour alimenter ses modèles de découverte de médicaments. Compte tenu de son objectif déclaré de constituer les plus vastes ensembles de données scRNA-seq au monde, l’automatisation des laboratoires est devenue indispensable pour l’équipe. « Nous nous sommes rapidement rendu compte que, comme nous générions de plus en plus de données et que nous repoussions les limites du domaine, il nous manquait des solutions robotiques et à haut débit », explique Johnny.
Le partenariat d’INTEGRA avec Parse Biosciences a fait de ses solutions le premier choix évident pour les besoins d’automatisation de Tahoe Therapeutics, en fournissant des solutions validées et clé en main couvrant chaque étape de la préparation d’échantillons pour le scRNA-seq. Johnny et son équipe utilisent le robot de pipetage ASSIST PLUS avec la pipette électronique portative VIAFLO à 8 canaux pour automatiser le flux de travail Evercode scRNA-seq. « L’un des principaux avantages du robot de pipetage ASSIST PLUS est sa flexibilité. Le système est doté d’un protocole intégré pour le flux de travail des cellules uniques Parse Evercode, et nous avons rapidement pu le programmer pour de nombreuses applications au-delà de la préparation d’échantillons scRNA-seq », explique Johnny. « Cet aspect est essentiel dans un petit laboratoire comme le nôtre, car nous suivons un grand nombre de protocoles différents. » Pour une petite équipe aux compétences diverses, une programmation intuitive pour des tâches multiples est cruciale. « L’ASSIST PLUS se distingue des autres solutions automatisées plus coûteuses par le fait qu’il n’est pas nécessaire d’être un ingénieur en automatisation ayant des années d’expérience pour utiliser le système », ajoute Johnny. « Deux de nos développeurs de méthodes, sans expérience préalable en automatisation, travaillent sur le système et sont capables de déployer rapidement de nouvelles méthodes auprès du reste de l’équipe. »
Les flux de travail de l’équipe sont étroitement coordonnés à des moments précis, et les cellules vivantes doivent être manipulées rapidement mais délicatement. La vitesse des solutions automatisées d’INTEGRA, combinée aux produits de Parse Biosciences, permet de traiter en parallèle un grand nombre d’échantillons biologiques. La vitesse, la précision et la reproductibilité de cette configuration seront déterminantes à mesure que Tahoe Therapeutics augmentera l’échelle de ses recherches afin de générer un ensemble de données cinquante fois plus important que le record établi par Tahoe-100M. « L’automatisation a permis de multiplier par plus de cinq notre débit pour la génération de données pour la partie de notre flux de travail consacrée à la préparation des cellules uniques », explique Johnny. « L’aspect le plus important est la très grande précision : on ne dépend plus de la variabilité intrinsèque des manipulations manuelles. »
Un service client et une assistance exceptionnels
Les solutions de laboratoire automatisées d’INTEGRA sont devenues essentielles pour le travail de l’entreprise, c’est pourquoi un niveau élevé de service client et d’assistance est vital. L’équipe de Tahoe Therapeutics bénéficie de réponses rapides aux questions techniques à tout moment de la journée, ainsi que des conseils personnalisés en matière d’approvisionnement pour l’aider à rationaliser ses flux de travail. « Les équipes service et commerciales sont étroitement intégrées chez INTEGRA, ce que je trouve très avantageux », ajoute Johnny. « Je connais le nom de notre représentante commerciale – je l’ai même contactée une fois alors qu’elle était dans un avion – et je lui fais confiance pour travailler avec notre équipe afin de trouver la bonne solution aux problèmes qui se posent. Je pense que cette relation est l’une des caractéristiques qui distinguent vraiment INTEGRA. »
Une plateforme unifiée pour la manipulation des liquides et le séquençage de nouvelle génération
Les robots de pipetage automatisés d’INTEGRA, combinés aux protocoles de cellules uniques de Parse Biosciences, ont fourni une approche unifiée à Tahoe Therapeutics. La nature puissante et intuitive de la programmation de l’ASSIST PLUS, associée à l’excellente assistance d’INTEGRA, a permis à l’entreprise de repousser les limites du domaine et d’avoir une longueur d’avance sur ses concurrents utilisant des technologies plus anciennes. « Une grande partie des travaux biopharmaceutiques les plus récents repose encore sur le séquençage de l’ARN en masse, une méthode datant d’il y a dix ans », déclare Johnny. « La technologie que nous utilisons nous permet de devancer de nombreuses entreprises biopharmaceutiques et de générer des ensembles de données plus volumineux en utilisant moins d’instruments, de réactifs et d’argent. »