Le laboratoire QIAGEN Genomic Services à Hilden, en Allemagne, fournit des solutions de tests moléculaires de l’échantillon à l’analyse dans le cadre du soutien mondial de QIAGEN aux scientifiques des secteurs des sciences de la vie et du diagnostic. Son offre de services « payés à l’acte » va de la manipulation et de la préparation des échantillons initiaux jusqu’aux résultats analytiques détaillés, en utilisant une large gamme de kits d’extraction et de technologies analytiques pour répondre aux besoins des différents projets des clients. 

La réalisation de tests à haut débit tout en conservant la capacité de s’adapter aux exigences des projets individuels nécessite des solutions de flux de travail flexibles, comme l’a expliqué le Dr David Löper, directeur de laboratoire chez QIAGEN Genomic Services : « Nous adaptons constamment nos processus d’analyse afin de prendre en compte différents types d’échantillons et de répondre aux divers besoins des clients. Cela nous a incités à rechercher des solutions polyvalentes de manipulation des liquides qui réduiraient notre charge de travail manuel et amélioreraient l’efficacité du laboratoire. Au départ, nous voulions un appareil compact et facile à utiliser, doté d’une tête de pipetage à 96 canaux, qui s’intégrerait parfaitement à notre matériel de laboratoire et à nos flux de préparation d’échantillons existants. Nous avons introduit la pipette électronique à commande manuelle VIAFLO 96 d’INTEGRA – ainsi que les pipettes à écartement automatique des pointes VOYAGER pour le reformatage des échantillons – il y a près de 10 ans, ce qui nous a permis d’accélérer nos étapes répétitives de préparation des échantillons et d’augmenter notre capacité de test. Nous avons également acquis deux robots de pipetage ASSIST PLUS pendant la pandémie de COVID-19 afin d’automatiser le flux de travail et de nous permettre d’augmenter considérablement nos capacités de test PCR à des fins de dépistage des employés. »

Au cours des processus internes de dépistage de la COVID-19, le laboratoire a reçu des échantillons biologiques primaires de ses employés sous forme de tubes. Ces échantillons ont été préparés pour la PCR de manière semi-automatique à l’aide d’une pipette VOYAGER 4 canaux à écartement automatique des pointes, montée sur un robot de pipetage ASSIST PLUS, qui a transféré les échantillons des tubes dans des plaques à 96 puits. Le montage d’une plaque complète prend environ 15 minutes. Les étapes de préparation et d’amplification pour la PCR ont ensuite été mises en place dans des plaques de 384 puits dans le cadre d’un processus presque entièrement automatisé sur l’ASSIST PLUS à l’aide d’une pipette VOYAGER à 8 canaux.

David a expliqué les avantages de cette approche par rapport aux précédentes méthodes de préparation des échantillons du laboratoire : « La préparation des plaques de PCR avec l’ASSIST PLUS est beaucoup plus rapide et plus simple que notre méthode précédente, ce qui améliore considérablement notre flux de travail. Nous utilisons de plus en plus l’ASSIST PLUS et le VOYAGER pour transférer des échantillons de tubes individuels dans des plaques de 96 puits, qu’il s’agisse de transférer l’échantillon entier ou seulement le surnageant après un traitement initial, ce qui garantit une plus grande reproductibilité dans nos protocoles de test moléculaire. »

Cette approche permet en fin de compte d’améliorer le flux de travail et le rendement du laboratoire, comme l’a décrit David : « Nous prenons généralement en charge des projets impliquant quelques centaines à quelques milliers d’échantillons, mais certains projets nous demandent de préparer en parallèle jusqu’à 11 000 échantillons pour l’analyse moléculaire. Grâce aux instruments et au logiciel INTEGRA, l’ensemble du processus est facile à gérer. Par exemple, nous utilisons régulièrement une pipette VIAFLO 96 en mode automatique mains libres pour l’extraction d’acides nucléiques. Cela signifie qu’il suffit de placer les plaques sur l’appareil, de changer les tampons ou les plaques d’échantillons et d’appuyer sur un bouton – tout fonctionne simplement. L’un des principaux avantages du VIAFLO 96 est qu’il permet de programmer des étapes de mélange complexes pour 96 échantillons simultanément, ce qui serait autrement fastidieux et source d’erreurs si l’on procédait purement à la main. Un autre avantage du VIAFLO 96, petit et autonome, est qu’en cas d’obstruction – ce qui est fréquent avec certains types d’échantillons – quelqu’un peut rapidement identifier et résoudre le problème. Cela ne serait pas possible sur de grandes plateformes d’automatisation fixes sans perturber le reste du flux de travail. »

« Nous avons choisi de nous associer à INTEGRA parce que les pipettes VIAFLO 96 permettent des modes de manipulation manuelle et automatique des liquides pour la flexibilité du flux de travail et, plus récemment, nous avons vu le potentiel de l’utilisation de l’ASSIST PLUS pour automatiser entièrement nos tâches répétitives pour plus de reproductibilité. Les appareils sont très simples à utiliser et à programmer à l’aide du logiciel VIALINK ou VIALAB, et s’intègrent parfaitement dans notre espace de laboratoire », a poursuivi David. « Dans l’ensemble, les produits INTEGRA ont considérablement amélioré notre productivité et notre constance, ce qui est crucial pour gérer les flux de travail génomiques à haut débit et accélérer l’achèvement des projets pour nos clients. J’ai toujours apprécié l’excellente communication entre INTEGRA et le laboratoire, et le support technique de la société est fantastique ; chaque fois que j’ai besoin d’aide, un spécialiste passe nous voir pour nous aider à résoudre les problèmes ou à ajuster nos flux de travail, ainsi que pour nous montrer les nouveautés sur le marché. Les produits d’INTEGRA sont toujours très intéressants et je suis heureux de les recommander à mes collègues parce qu’ils remplissent une niche unique. »