利用病毒基因组学和测序支持疫情防范

· 客户证明

利用病毒基因组学和测序支持疫情防范

CEVT成立于2020年3月,旨在应对COVID-19的大规模疫情,是北路易斯安那州第一个获准进行PCR检测和分析的机构。在“德尔塔峰”期间,该中心每周处理了多达20,000个中鼻甲拭子,并在疫苗可用后立即启动了全面的疫苗接种计划。作为国际合作的一部分,CEVT还开始对SARS-CoV-2分离株进行测序,以更好地了解该病毒,进而开展分子流行病学工作(例如接触者追踪和季节性研究),并为未来的疫苗开发提供信息。这种综合性的疾病管理方法很快便赢得了当之无愧的认可,该机构被路易斯安那州立大学董事会授予了新兴病毒威胁卓越中心称号。

CEVT的病毒基因组学和测序实验室主任Krista Queen博士讲述了该中心成立的初衷:“CEVT的最初目标是向北路易斯安那州医疗服务欠缺的农村社区提供COVID-19检测和疫苗接种计划。我们迅速开始了每周上万次的检测,并为许多此前无法获得可能挽救生命的免疫接种的人接种了疫苗。除此之外,我们在测序方面的工作为SARS-CoV-2的感染和演化机制提供了重要的早期见解。迄今为止,我们已经对18,000多个SARS-CoV-2基因组进行了测序,随着新的感染高峰和变种的出现,这些宝贵的数据仍然是跟踪和控制病毒传播的关键资源。”

CEVT拥有三支50 μl的VOYAGER可调枪头间距移液器(一支8通道和两支12通道),它们被用于在COVID-19检测工作流程中将样品从试管重排布至96孔板,以及基因组测序实验室的液体转移和磁珠纯化步骤,在这里,工作人员每周要处理多达800个样本。Krista在先前就职于CDC时曾经使用过INTEGRA的产品,基于其良好使用体验,她向新同事们推荐了这些产品。她解释说:“对于实验室工作人员来说,在不同类型的实验室器具之间转移液体是一个巨大的痛点,因为手动重排布样品是一个极其耗时且容易出错的过程。得益于VOYAGER移液器可电动调节的枪头间距,我们能够在不同规格的实验室器具之间轻松、快速地一次转移多个样品,并且它们的高精度和可重复性帮助我们避免了重复移液流程。这极大地简化了我们费力的重排布步骤,并使我们能够保持更短的COVID-19检测周转时间。同时,这也帮助我们快速地感知了疫情的发展,并频频为新疫苗生产所需的数据库做出了贡献。

Krista补充说:“VOYAGER移液器在开发时就充分考虑了用户的需求,其符合人体工学的设计意味着我们可以长时间使用,而不会感到疲劳或不适。VIALINK软件也非常直观,很快就能学会,这帮助我们减少了培训新员工或编写新流程时的停机时间。”

Krista Queen ASSIST PLUS
图片由新兴病毒威胁中心(CEVT)提供

除了VOYAGER移液器,该中心的COVID-19检测实验室还使用了两台VIAFLO轻型电动移液器来执行重复移液和混合步骤,以及一台MINI 96便携式电动移液器来执行简单且准确的384孔板整板一步填充——对于技术人员来说,手动完成该步骤曾是一项不小的挑战。与手动移液相比,MINI 96极大地加快了该中心的检测流程,使其能够满足紧迫的期限并始终保持较短的周转时间。它还让实验室有能力调整检测流程的通量,以应对每周不确定的样品数量。

随着COVID-19病例数量的下降,CEVT开始使用其多功能的移液解决方案对流感和RSV进行基因组测序,为季节性疫苗的开发提供信息,并确保它们能够有效对抗病毒演化过程中出现的新突变。随后,美国爆发的MPOX(猴痘)疫情促使该中心扩展其检测能力,增加了社区废水的监测,这凸显了INTEGRA的产品能够根据需要轻松适应一系列新工作流程的特点。

该中心的病毒基因组学团队近期购买了一台ASSIST PLUS移液工作站,用于自动执行这些新工作流程中的液体处理步骤(例如预混液的整板填充),从而使工作人员有更多空余时间来完成其他重要的实验室任务。这将使他们能够更有效地利用资源,提高样品通量,以满足不断增长的检测需求,同时降低出现错误的可能性,获得更加一致的结果。ASSIST PLUS的D-ONE单通道移液模块将简化预混液的配制,并为该团队提供构建新项目和探索未来其他病毒测序工作流程所需的灵活性,从而拓展实验室的能力范围。

Krista总结说:“COVID-19无疑揭示了病毒基因组学的潜力,以及其为有助于未来疾病控制工作的新型检测手段、疫苗和监测计划的开发提供信息的重要作用。我们新的INTEGRA移液解决方案(如ASSIST PLUS)将提升我们实验室的能力,并让我们对结果的可靠性和可重复性更有信心。这些重要的产品,加上从近期的全球健康危机中所汲取的经验教训,将帮助CEVT实现成为该地区检测可能影响人类健康的新病毒和其他病原体的顶级监测实验室的目标。”

MINI 96 used to fill a 384 well plate