力求最好的种子——利用Fluidigm微流控技术和ASSIST PLUS进行SNP基因分型

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力求最好的种子——利用Fluidigm微流控技术和ASSIST PLUS进行SNP基因分型

 

自1913年公司成立以来,Sakata Corporation的产品已在130多个国家取得了成功,且其在现有市场和新市场的业务都在不断拓展。质量是Sakata商业模式的标志,该公司持续不断地进行植物生理学、发芽率、种子健康以及遗传数据分析,以确保只向客户提供最优质的种子。

为此,由Jean-Phillippe Pichaut 领导的欧洲QC团队奉命开拓新的实验室设施和工作流程,以满足公司不断发展的业务需求并帮助实现年度销售增长目标。Jean-Phillippe解释说:“实验室的大部分日常活动都涉及DNA的提取和分析,但手动将样品装载到我们使用的Fluidigm微流控芯片上是一项具有挑战性的样品制备工作流程,会花费很长的时间。尽管我们当前的通量相对较低,依靠手动执行尚可管理,但我们知道这种情况很快就会改变。我们的业务量预计将在三年内增长三倍,随之而来的将是QC测试样本数量的指数增长。因此,我们需要确保能够轻松且高效地管理日益增加的工作量。我们的思路很清晰,希望借助自动化液体处理方案来实现我们的高通量基因分型分析,于是开始寻找理想的解决方案。”

通过一位前同事的推荐,Jean-Phillippe发现了INTEGRA产品。他很快意识到 VIAFLO 96 手持式电动移液器ASSIST PLUS 移液工作站可以为相对较小的团队提供增加工作量的能力,契合Sakata的增长计划,且能够轻松地融入该实验室的Fluidigm微流控工作流程。基因分型实验室的技术人员Manon Vendredi补充说:“我们购买了一台VIAFLO 96系统以及一台配备了8通道VOYAGER可调枪头间距移液器的ASSIST PLUS工作站用于我们的DNA 提取工作流程。ASSISTS PLUS和VOYAGER的组合使我们能够将DNA样本从96孔板转移到几乎任何规格的微流控芯片,简化了我们在Biomark PCR分析仪上的分析工作。为了保证无缝的工作流程,INTEGRA团队和Fluidigm的应用专家与我们通力合作,最终的结果很理想。它非常易于使用,并为我们的工作流程带来了极大的可扩展性。相较于手动处理,它为我们节省了大量时间,性价比更高,并且减少了错误的数量。”

Manon Vendredi at Sakata using the ASSIST PLUS pipetting robot to automate loading of microfluidic chips
Photo courtesy of Manon Vendredi, Genotyping Lab Technician at Sakata using the ASSIST PLUS pipetting robot to automate loading of microfluidic chips

自动化解决方案的优势

现在,实验室团队能够更好地满足业务扩展所带来的不断增长的需求:“我们已经能够实现整个过程的自动化,这为实验室工作人员带来了显著的益处,并将减轻多达 300,000 次 DNA 提取的年度目标的压力,”Jean-Phillippe指出。Manon 补充说:“VIAFLO 96使我们能够在微孔板的每个孔中同步并行地进行DNA提取,而ASSIST PLUS的自动化功能意味着我们只需要设置好将样品从微孔板转移到芯片的程序,之后它便能自动运行。我们可以确信的是,当我们在半小时后回来时,已经有三个准确填充的芯片等待进入Fluidigm系统了。这种装置不仅使用更少的样本量,试剂成本更低,而且还意味着我们可以同时分析更多的基因。”

得益于INTEGRA解决方案的易用性,自动化移液的收益已经超越了QC工作流程。Jean-Phillippe 继续说道:“自从我们发现 INTEGRA 系统如此易用之后,团队也开始热衷于在我们的病理学实验室中使用它们来制备qPCR板。这种过渡非常顺滑。使用简单意味着他们只需要用30分钟就能够设置好新流程,因此无需叫来任何专家。最初,我们并没有计划在两个实验室都使用该设备,但由于该系统提供的可能性,这样的决定是很自然的。现在,我们实验室的所有日常运转都更加高效,劳动强度也大大降低,从长远来看,我们的工作量管理也以往容易得多。”

Assay loading onto the 192.24 Dynamic Array IFC with the ASSIST PLUS pipetting robot equipped with a VOYAGER electronic pipette.
ASSIST PLUS in use at the laboratory

可靠的合作伙伴

“建立一个全新的实验室以及实验室的所有工作流程可谓困难重重。但是,我们知道INTEGRA和

Fluidigm始终与我们同在,总能在我们需要时及时地提供帮助和支持。从最初的设备购买到仪器的设置,甚至是仍在持续的问题咨询,这两家公司都全程提供了很大程度的支持。这确保了一切都毫不费力,未来也将如此持续下去。我们真的很喜欢与该团队合作,因为与对的人联系从来都不难,”Jean-Phillippe总结道。