Bestes Saatgut durch SNP-Genotypisierung mit Mikrofluidik von Fluidigm und dem ASSIST PLUS von INTEGRA

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Bestes Saatgut durch SNP-Genotypisierung mit Mikrofluidik von Fluidigm und dem ASSIST PLUS von INTEGRA

 

Sakata wurde 1913 gegründet. Mittlerweile finden die Produkte der Firma in über 130 Ländern großen Anklang und das Unternehmen expandiert weiterhin sowohl in neuen, als auch in bestehenden Märkten. Das Geschäftsmodell von Sakata hat sich ganz der Qualität verschrieben. Das Unternehmen analysiert kontinuierlich die Pflanzenphysiologie, Keimraten, Saatgutqualität und genetische Informationen, um Kunden ausschließlich Saatgut allerhöchster Qualität zu gewährleisten.

Das europäische Qualitätsmanagement-Team unter der Leitung von Jean-Phillippe Pichaut wurde daher mit dem Aufbau neuer Laboreinrichtungen und Arbeitsabläufe beauftragt, um den laufenden Geschäftsbedarf des Unternehmens zu decken und die jährlichen Umsatzwachstumsziele zu erreichen. Jean-Phillippe Pichaut kommentiert: „Bei den täglichen Laborarbeiten geht es zum Großteil um das Extrahieren und die Analyse von DNA. Proben vorzubereiten ist zeitaufwendig, besonders dann, wenn man sie manuell auf die benötigten Mikrofluidik-Chips von Fluidigm beladen muss. Unser aktueller Durchsatz ist zurzeit noch relativ gering und lässt sich manuell leicht bewältigen. Doch dies wird sich schnell ändern. Unser jährlicher Arbeitsanfall wird sich die kommenden drei Jahre verdreifachen und damit steigt auch die Anzahl der Proben für die QC-Tests exponentiell an. Um die erhöhte Arbeitslast einfach und effizient bewältigen zu können, mussten wir eine Lösung finden. Es war uns somit völlig klar, dass wir für massenweise Genotypisierungsanalysen eine automatisierte Lösung zum Bearbeiten der Flüssigproben benötigen würden.“

Jean-Phillippe Pichaut entdeckte die Produkte von INTEGRA dank der Empfehlung eines ehemaligen Kollegen. Er erkannte schnell, dass sich die elektronische Mehrkanalpipette VIAFLO 96 und der ASSIST PLUS-Pipettierroboter problemlos in die auf die Mikrofluidik von Fluidigm basierenden Laborarbeiten integrieren lassen. Dadurch konnte der Durchsatz ihres verhältnismäßig kleinen Teams gesteigert und an Sakatas Wachstumszielen angeknüpft werden. Manon Vendredi, Labortechnikerin für Genotypisierung, fügt hinzu: „Unser Team erwarb eine VIAFLO 96-Kanal-Pipette für unsere DNA-Extraktionen sowie einen ASSIST PLUS-Pipettierroboter samt 8-Kanal VOYAGER-Pipette mit einstellbarem Spitzenabstand. Aufgrund der Kombination von ASSIST PLUS mit VOYAGER können wir DNA-Proben von 96-Well-Platten auf fast jedes mikrofluidische Chipformat transferieren und somit die Analysen auf unserem Biomark PCR Analyzer optimieren. In Zusammenarbeit mit dem INTEGRA-Team und den Anwendungsspezialisten von Fluidigm haben wir es geschafft, einen nahtlosen Arbeitsablauf zu gewährleisten. Wir sind vom Resultat hell begeistert. Alles ist sehr einfach zu bedienen und macht unsere Arbeitsabläufe weitaus skalierbarer. Das erspart uns viel Zeit, ist wesentlich kosteneffizienter und reduziert zudem die Fehleranfälligkeit im Vergleich zur manuellen Verarbeitung.“

Manon Vendredi at Sakata using the ASSIST PLUS pipetting robot to automate loading of microfluidic chips
Photo courtesy of Manon Vendredi, Genotyping Lab Technician at Sakata using the ASSIST PLUS pipetting robot to automate loading of microfluidic chips

Die Vorteile einer automatisierten Lösung

Das Laborteam ist nun viel besser aufgestellt, um den steigenden Bedarf im Rahmen der Geschäftsausweitung zu decken: „Wir konnten den gesamten Prozess automatisieren. Das bringt erhebliche Vorteile für unser Laborpersonal mit sich. Damit rückt unser Ziel von jährlich 300'000 DNA-Extraktionen in greifbare Nähe“, sagt Jean-Phillippe Pichaut. Manon Vendredi ergänzt: „Mit VIAFLO 96 können wir die DNA-Extraktion auf jedem Well einer Mikrotiterplatte parallel durchführen. Dank der automatisierten Funktion des ASSIST PLUS müssen wir nur den Transfer der Proben von den Mikrotiterplatten-Wells auf die Chips programmieren, der Rest funktioniert mit dem Pipettierroboter ganz von allein. Wir können uns absolut darauf verlassen, dass nach einer halben Stunde drei Chips korrekt befüllt sind und in das Fluidigm-System geladen werden können. Dadurch benötigen wir nicht nur weniger Probenvolumen und haben geringere Kosten für Reagenzien, sondern können auch mehr Gene gleichzeitig analysieren.“

Dank den benutzerfreundlichen Lösungen von INTEGRA kommen die Vorteile des automatisierten Pipettierens mittlerweile nicht nur den QC-Arbeitsabläufen, sondern auch anderen Dienste sehr zugute. Jean-Phillippe Pichaut erklärt: „Als wir gemerkt haben, wie einfach die Systeme von INTEGRA zu benutzen sind, wollte unser Team sie unbedingt auch zum Vorbereiten von qPCR-Platten im Pathologielabor einsetzen. Der Übergang war sehr leicht zu bewerkstelligen. Durch die einfache Bedienbarkeit benötigte unser Team nur knappe 30 Minuten, um das zusätzliche Protokoll zu erstellen. Und das ganz ohne die Hilfe von Spezialisten. Wir hatten anfangs eigentlich gar nicht vor, die Ausrüstung in beiden Labors zu verwenden, aber aufgrund der vielfältigen Einsatzmöglichkeiten des Systems ist uns die Entscheidung sehr leicht gefallen. Sämtliche Tagesabläufe in unseren Labors funktionieren jetzt viel effizienter und sind weitaus weniger arbeitsintensiv. Das vereinfacht uns die anfallende Arbeitslast auch auf lange Sicht.“

Assay loading onto the 192.24 Dynamic Array IFC with the ASSIST PLUS pipetting robot equipped with a VOYAGER electronic pipette.
ASSIST PLUS in use at the laboratory

Ein verlässlicher Partner

„Ein völlig neues Labor aus dem Boden zu stampfen und alle Arbeitsabläufe aufzubauen ist oft ein schwieriges Unterfangen. Wir können uns jedoch darauf verlassen, dass uns INTEGRA und Fluidigm jederzeit mit Rat und Tat zur Seite stehen, wenn wir Hilfe oder Unterstützung brauchen. Beide Unternehmen bieten ein hohes Maß an Support, sowohl beim Kauf und Installieren der Geräte, als auch bei allen auftauchenden Fragen danach. Somit gehen wir auf Nummer sicher, dass alles immer bestens geregelt ist – gestern, heute und morgen. Wir arbeiten sehr gerne mit unseren Partnern zusammen. Mit ihnen stehen immer die richtigen Leute zur Verfügung“, sagt Jean-Philippe abschließend.