Le terme d’arbovirus désigne tout virus transmis par des arthropodes, comme les moustiques et les tiques. Entre autres exemples, on citera le virus du Nil occidental et celui de l’encéphalomyélite équine de l’Est, tous deux susceptibles de contaminer les humains piqués par un moustique infecté. Les programmes de surveillance, tels que celui de l’Arbovirus Testing Lab des Laboratoires de santé publique du New Hampshire, fournissent de précieuses données pouvant aider à définir la réponse à apporter aux maladies transmises par les moustiques.

Comme dans beaucoup d’autres laboratoires à travers le monde, la pandémie de COVID-19 a forcé l’Arbovirus Testing Lab à opérer des changements drastiques à son programme de surveillance des moustiques. Il a donc adopté un processus automatisé de dépistage d’échantillons groupés à l’aide du robot de pipetage ASSIST PLUS. Denise Bolton, la responsable du laboratoire, explique : « Nous avons réalisé que la demande accrue de matériel de dépistage, la disponibilité limitée des instruments PCR et la lourde charge pesant sur le personnel du laboratoire allaient persister un certain temps. On avait envisagé d’essayer un modèle de tests groupés pour la surveillance des arbovirus avant même la pandémie et on savait qu'il était temps d’adopter cette méthode ».

Le passage aux tests groupés

Après avoir analysé les méthodes de pooling et défini un protocole adapté au laboratoire, une étude de ‘preuve de concept’ a été réalisée en testant des combinaisons d’échantillons positifs aux VNO/EEE dans diverses concentrations. Il a été prouvé que même des échantillons très faiblement positifs étaient malgré tout détectés dans un pool de quatre spécimens. « La validation a révélé une exactitude et une sensibilité très élevées et nous avons mis en œuvre la procédure de tests groupés durant l’été 2020, en constituant d’abord manuellement les pools d’échantillons. Le traitement des moustiques requiert un travail considérable. Il y a beaucoup d’étapes qui demandent de déboucher et de reboucher les tubes et de pipeter des échantillons, et tout doit être réalisé selon des protocoles de sécurité très stricts. L’étape supplémentaire du pooling d’échantillons compliquait encore les opérations et prenait plus d’une heure aux analystes, en exigeant d’eux une concentration et une attention soutenues. Ajouter une étape de pooling manuel à la fin du processus constituait aussi un risque en termes de qualité et je craignais les nombreuses possibilités d’erreur qui en découlaient pour les analystes ».

Réduire le risque d’erreur

Pour minimiser le potentiel d’erreur lié à une manipulation manuelle, le laboratoire a décidé d’automatiser le processus de regroupement d’échantillons sur un robot de pipetage ASSIST PLUS. « Je connaissais déjà bien ASSIST PLUS puisqu’on l’utilisait pour la manipulation de nos échantillons de COVID-19 », confie Denise. « Le logiciel VIALAB fournit avec l’instrument facilitait l’écriture d’un programme de pooling et la flexibilité des pipettes INTEGRA permettait de ne pas devoir modifier nos méthodes de traitement des moustiques. Nous utilisons ASSIST PLUS avec une pipette à écartement réglable des pointes VOYAGER 8 canaux pour transférer les aliquotes de tubes 2 ml vers des plaques 96 puits, afin de créer des pools de 200 µl comprenant quatre échantillons. Une fois effectué ce processus, ASSIST PLUS ajoute directement le tampon de lyse aux pools d’échantillons et le pool entier est utilisé pour l’extraction des acides nucléiques. Cela rationalise le processus, en économisant du temps et en réduisant la consommation de matériel plastique, puisque nous ne constituons pas de pools de grands volumes pour transférer ensuite une aliquote pour extraction. Cette utilisation d’ASSIST PLUS nous a permis d’automatiser deux étapes de pipetage effectuées manuellement jusque-là, réduisant concrètement le besoin d’intervention de l’opérateur ».

Des économies de temps et d’argent

L’adoption des tests groupés pour la surveillance des arbovirus a généré 75 % d’économie de réactifs d’extraction et de PCR et réduit le recours à l’équipement de PCR pour le programme de surveillance. « Le regroupement d’échantillons avec le robot de pipetage ASSIST PLUS économise un temps précieux aux analystes et, plus important encore, nous donne la certitude que l’étape la plus complexe du processus est réalisée sans erreur », conclut Denise.

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