Le pooling d’échantillons avant les tests réalisés à des fins de surveillance des maladies ou de diagnostic est une méthode rentable, qui réduit le volume de réactifs coûteux utilisés sans pour autant diminuer la sensibilité des essais. Cette approche a pris une importance particulière durant la pandémie de COVID-19, avec le besoin de tester chaque jour un très grand nombre d’échantillons et les problèmes de réapprovisionnement pour de nombreux réactifs majeurs. L’ensemble du processus de préparation des échantillons – y compris les étapes de transfert des échantillons des tubes individuels aux plaques et de regroupement  – peut être automatisé sur le robot de pipetage ASSIST PLUS combiné à la pipette à écartement réglable des pointes VOYAGER, augmentant le débit et éliminant les erreurs potentielles liées à la manipulation manuelle, tout en libérant du temps pour les analyses.

Avantages et défis

Le regroupement d’échantillons de patients est couramment utilisé dans les tests de diagnostic – immunoessais et diagnostics moléculaires par exemple – afin d’augmenter les capacités de tests tout en réduisant les coûts de réactifs dans les analyses de SARS-CoV-2 et d’autres agents infectieux. Dans les méthodes de pooling traditionnelles, des regroupements d’échantillons sont créés en combinant, pour les tester, des portions égales d’un nombre défini de spécimens dans un seul récipient. En cas de résultat négatif, chaque échantillon du pool est signalé comme négatif. Si le résultat est positif, les échantillons constituant le pool sont testés individuellement pour déterminer à quel(s) échantillon(s) est/sont dû ce résultat positif. La taille de regroupement optimale – généralement de 4 à 24 échantillons – est déterminée par la prévalence de l’analyte cible dans la population de patients et peut être établie à l'aide de méthodes statistiques.

Cette approche présente de nombreux avantages :

• Bien plus de patients peuvent être testés, même quand des interruptions de la chaîne d’approvisionnement restreignent la disponibilité des réactifs
• Les coûts en réactifs diminuent
• Le débit d’échantillons testés peut être augmenté sans surcroît d’investissement dans de coûteux analyseurs
• Elle permet le dépistage de nombreux patients de façon récurrente dans le cadre d’un programme de surveillance, permettant la détection précoce des sujets infectés afin d’aider à prévenir la propagation de la maladie

Mais il existe toutefois des inconvénients. La gestion et le suivi des échantillons dans les pools représentent une charge supplémentaire et peuvent induire une sensibilité moindre du fait de la dilution de l’analyte cible. Déconstruire un pool positif et tester à nouveau chaque échantillon requiert des ressources supplémentaires – des réactifs, des consommables, mais aussi du temps d'analyse. Par conséquent, les économies réalisées en effectuant des tests groupés sont les plus importantes pour une prévalence de la maladie <3 %. Cela implique également une légère augmentation du délai d'exécution, du fait des étapes supplémentaires de traitement des échantillons.

Si la prévalence de l’analyte dans la population augmente significativement, l’approche traditionnelle peut alors ne pas être une méthode optimale, puisqu’il faut retester ensuite individuellement les échantillons des pools positifs. Dans ce cas, le recours à une méthode de pooling à double sens peut aider à réduire le nombre d’échantillons retestés. Le pooling à double sens est une approche alternative qui diminue le besoin d’analyses de confirmations. Les échantillons sont regroupés à la fois horizontalement et verticalement dans une grille, pour être dépistés dans deux pools séparés. Chaque échantillon positif est ainsi directement identifié par un résultat positif dans les deux pools, ce qui limite le besoin de tests de reconfirmation. 

L’automatisation rend la vie plus facile et plus sûre

L’automatisation des processus de pooling sur le robot de pipetage ASSIST PLUS associé à la pipette à écartement réglable des pointes VOYAGER augmente non seulement la reproductibilité en garantissant des hauteurs de pipetage homogènes, mais elle limite également le besoin d’intervention manuelle, pour une optimisation du temps libre et une sécurité renforcée des opérateurs.

Grâce à son faible encombrement, ASSIST PLUS tient facilement sous une hotte à flux laminaire, protégeant à la fois les échantillons et l’utilisateur. L’automatisation élimine les étapes de pipetage manuel, ce qui permet d'éviter les microtraumatismes répétés, notamment lors des travaux dans l’espace confiné d’une hotte à flux laminaire. Comparé à une pipette monocanal, VOYAGER augmente significativement la vitesse de pooling – et donc du débit global – en permettant le transfert en parallèle de jusqu’à 12 échantillons, avec un ajustement automatique de l’écartement des pointes adapté à divers racks de tubes. Les mélanges d’échantillons avant et après aspiration sont également entièrement automatisés, ce qui vous  permet de spécifier le nombre optimal de cycles pour vos processus. L'utilisation d'un volume plus important que le volume de transfert garantit un mélange parfait du pool final.

Conclusion

Le regroupement d’échantillons est une méthode efficace pour le dépistage des maladies au niveau de la population. Le processus est facilement automatisé sur le robot de pipetage ASSIST PLUS associé à une pipette à écartement réglable des pointes VOYAGER, maximisant le débit tout en minimisant les erreurs de pipetage et le risque de microtraumatismes répétés chez les analystes. Autre point important, cette solution flexible permet d'automatiser de très nombreux processus en aval – tels que l’extraction d’acide nucléique, la préparation de PCR et ELISA – sur une même plateforme, de façon à accélérer l'obtention des résultats, tout en renforçant la sécurité des opérateurs.