Les pipettes électroniques d’INTEGRA permettent le dépistage essentiel pour l’étude de l’évolution microbienne
La pipette à écartement automatique des pointes VOYAGER et la pipette électronique ultra légère VIAFLO sont les parfaits compagnons de laboratoire pour les études nécessitant l’analyse d’un grand nombre d’échantillons, mais aussi pour rationaliser les opérations et obtenir des résultats reproductibles. Le Dr Astrid Altamirano-Junqueira, titulaire d’un doctorat sur l’évolution de la motilité bactérienne à l’École Supérieure de Biologie de l’Université de Reading, explique que les pipettes fournissent une l’aide précieuse dans ses recherches : « J’ai effectué mon doctorat en 2019 au Royaume-Uni, mes recherches portaient sur l’évolution microbienne. Mon principal centre d’intérêt était la motilité microbienne, avec l’étude des effets de la suppression du régulateur flagellaire maître FleQ chez les Pseudomonas fluorescens. Dans l’évolution bactérienne, les gènes se dupliquent et mutent fréquemment pour endosser de nouveaux rôles. J’ai effectué des études approfondies de l’expression génique de plus de 40 souches différentes de P. fluorescens privés de FleQ et identifié une nouvelle souche qui avait opéré un recâblage de la voie de pénétration de l’azote (dont fait partie le régulateur flagellaire maître FleQ dans la forme sauvage ) pour restaurer l’expression des protéines du flagelle et la motilité. J’ai ensuite observé comment cette nouvelle souche ‘nageuse’ était affectée par la privation d’azote. »
Obtenir des résultats rapides
« Ma première tâche était la culture de mutants sans FleQ, dont l’apparition dans le milieu de culture pouvait prendre de 1 à 20 jours, en fonction du traitement. Les P. fluorescens étant naturellement des bactéries mobiles, l’environnement classique d’incubateur conçu pour des organismes qui adhèrent à une surface ou croissent en suspension n’était pas une option viable ; l’insuffisance de mouvement des P. fluorescens sans flagelles aboutissait à une accumulation des bactéries au fond du puits, où elles étaient privées de ressources. Cela a induit, avec le temps, une baisse de la croissance, même sans privation d’azote, menant à des résultats potentiellement biaisés. J’ai alors dû recourir à un analyseur Bioscreen C MBR, dont l’agitateur de plaque est beaucoup plus puissant et qui peut effectuer des mesures ‘à la volée’, sans que les plaques doivent être stationnaires et fixes. »
« La difficulté du travail avec le Bioscreen C est qu’il utilise des microplaques en nid d’abeille, dont les puits n’ont pas le même espacement que ceux des microplaques 96 puits. Au début, je pipetais individuellement, puits par puits, mais on peut incuber et analyser jusqu’à 200 échantillons en même temps sur cette plateforme, et le processus était donc incroyablement chronophage. A mon premier essai, il m’a fallu presque six heures pour préparer et inoculer la plaque et comme c’était extrêmement fatiguant, je craignais sans cesse de perdre ma concentration et de faire des erreurs. C’était aussi très compliqué de maintenir la plaque à une température suffisamment basse pour empêcher le début de la croissance bactérienne avant qu’elle ne soit pleine. L’opération était si critique en termes de délai que j’avais vraiment besoin d’un pipetage plus efficace. J’ai donc commencé à chercher d'autres solutions de pipetage et j’ai découvert la gamme de pipettes électroniques multicanaux d’INTEGRA. Le manuel du Bioscreen recommande d’ailleurs la pipette à écartement automatique des pointes VOYAGER comme l’option d’association la plus efficace avec l’instrument, permettant un transfert simple de nombres élevés d’échantillons de tubes à plaque, ou de plaque à plaque avec différents écartements. Avec VOYAGER, je charge toute une plaque en moins de 15 minutes, ce qui est absolument incroyable. »
La combinaison parfaite pour toute une série d’opérations
« Cette combinaison Bioscreen C / VOYAGER m’a permis de cultiver et d’analyser de multiples répliques biologiques des divers mutants, puis d’étudier les effets de la privation d’azote et de différentes sources d’azote sur la mobilité microbienne. J’ai aussi obtenu une pipette électronique monocanal VIAFLO que j’ai utilisée pour d’autres parties de mes opérations, et VIAFLO comme VOYAGER se sont avérées d’une incroyable flexibilité. J’utilise maintenant les deux pipettes pour un large éventail de tâches, y compris le chargement de gel et la préparation de PCR. C’est tellement plus rapide qu’avec une pipette monocanal mécanique et, comme c’est automatique, le pouce ne fatigue pas. Les pipettes mécaniques classiques demandent une pression bien plus importante sur le piston pour pipeter, ce qui peut impacter la main quand on traite beaucoup d’échantillons ou qu’on réalise un protocole avec beaucoup d’étapes. Avec les pipettes électroniques, il y a moins de risques de microtraumatismes, et elles sont rapides et précises, ce qui permet d’économiser du temps et de l’argent, et de traiter beaucoup plus d’échantillons en une journée. J’ai aussi énormément apprécié la possibilité de programmer les deux pipettes pour les adapter à mes opérations ; ça a été vraiment utile à mes recherches, d’autant que j’avais un très grand nombre de souches et que j’ai dû faire de nombreuses répliques pour chacune d’elles. »
Une extension des capacités expérimentales
« Les économies de temps que j’ai réalisées en utilisant les pipettes VOYAGER et VIAFLO m’ont permis d’étudier un bien plus grand nombre de souches et de conditions de culture dans ma dernière année de doctorat. Grâce à cela, j’ai pu collecter un maximum d’informations sur les souches, ce qui était vital pour l’analyse multivariée. J’ai pu effectuer une analyse statistique détaillée et réunir des connaissances approfondies des différents mutants. J’ai même été en mesure d’identifier un nouveau transporteur d’ammoniac, ce qui a débouché, après un séquençage génomique, sur la découverte d’une nouvelle souche : la FleQS4. Tous ces travaux sont en cours de publication et c’est grâce à mes pipettes électroniques INTEGRA que j’ai pu effectuer toutes les expériences et dépistages PCR pour ce gène, pour toutes les souches, en à peine deux semaines. Je suis incroyablement reconnaissante d’avoir pu compter sur VOYAGER ! » conclut Astrid.
