Automatisierte Nukleinsäure-Reinigung mit dem ASSIST PLUS-Pipettierroboter
MACHEREY-NAGEL (MN) ist ein führender Anbieter von Lösungen für das Extrahieren und Bereinigen von Nukleinsäure. Das Unternehmen bietet eine große Auswahl an ultraschnellen und einfach zu bedienenden Kits für die RNA-, DNA- und Proteinextraktion und -aufreinigung an, welche auf der innovativen NucleoSpin-Technologie basieren. Diese sogenannte Spin-Säulen-Extraktionsmethode verwendet eine Silicamembran zur Bindung von Nukleinsäuren. Anschließend werden unerwünschte ungebundene Materialien ausgewaschen, bevor die gebundenen Nukleinsäuren von der Membran gelöst und gesammelt werden. Dieser Prozess lässt sich durch Zentrifugieren oder Aufsetzen der Platten auf einen Vakuumverteiler durchführen.
Optimierung der Nukleinsäure-Extraktion für effiziente Arbeitsabläufe
Die DNA- und RNA-Extraktions- und -Reinigungskits von MN haben ein 96-Well-Format. Dies vereinfacht die automatisierte Verwendung mit dem ASSIST PLUS-Pipettierroboter unter Beizug der elektronischen VIAFLO-12-Kanal-Pipette mit einem Volumen von 1250 μl sowie sterilen 1250-μl-GRIPTIPS samt Filter. Diese Konfiguration ermöglicht es, 96 Proben in weniger als einer Stunde in einem einzigen Durchgang zu extrahieren. Ein externer Plattenschüttler und der Vakuumverteiler NucleoVac 96 von MN werden direkt auf dem Deck des ASSIST PLUS platziert, wodurch der Transport von Platten zwischen Liquid-Handling-Instrumenten entfällt. Die MN-Kits enthalten zudem eine speziell entwickelte Waschplatte, die in den Vakuumverteiler unter der Verbindungsplatte eingesetzt wird, um die Kreuzkontamination der Proben während der Vakuumschritte zu verhindern.
Automatisiertes System
Das Gerät ermöglicht automatisiertes Verarbeiten von Flüssigproben, was ergonomische Risiken – z. B. die Belastung durch sich wiederholende Bewegungen – vermeidet und den Benutzer von manuellen Eingriffen befreit. Sämtliche Pipettierschritte zu automatisieren hat den großen Vorteil, dass bedienerbedingte Verarbeitungsschwankungen und Fehler nicht mehr auftreten und die stetige Konsistenz der Arbeitsabläufe ein hohes Maß an Reproduzierbarkeit gewährleistet. Manuelles Bedienen beschränkt sich auf das Ein- und Ausschalten des Schüttlers und des Vakuums, das Wechseln des Reagenz-Reservoirs und das Einsetzen der Elutionsplatte in den Vakuumverteiler. Damit der Anwender den Überblick nicht verliert, werden die Anweisungen für diese Arbeitsschritte auf dem benutzerfreundlichen Bildschirm der Pipette angezeigt.
Der ASSIST PLUS ist eine offene Plattform und kann daher mit anderen Ein- oder Mehrkanalpipetten von INTEGRA ausgestattet und für eine Vielzahl von Nachfolgeapplikationen verwendet werden, z. B. für Normalisierung, Hit Picking, PCR-Setup und Vorbereitung von NGS-Bibliotheken. Durch das extrem kompakte Design hat das Gerät in einer Sicherheitswerkbank leicht Platz und macht es somit möglich, Proben vor Kontamination zu schützen.
Vorkonfigurierte, biologisch validierte Protokolle für vier MN-Kits lassen sich rasch über die VIALAB-Software direkt auf den ASSIST PLUS-Pipettierroboter herunterladen. Anschließend können sie entsprechend Ihren eigenen Pipettierparametern und -protokollen, einschliesslich der Anpassung der Pipettierhöhen und Mischgeschwindigkeiten an bestimmte Puffer und Probentypen, angepasst werden. Es können auch weniger als 96 Proben pro Durchgang verarbeitet werden. Daher ist diese Technologie auch für Labore mit niedrigem Durchsatz und geringeren Probenmengen geeignet und erschwinglich.
Leistungsstarke Kombinationen
Vier MN-Kits wurden für die automatisierte Verwendung mit dem ASSIST PLUS angepasst und bieten hohe Qualität, Reinheit und Ergiebigkeit bei DNA- und RNA-Extrakten aus verschiedenen Probentypen, die sich für eine ganze Reihe von Applikationen eignen:
MACHEREY-NAGEL NucleoSpin® 96 RNA-Extraktionskit
Praktisch für das durchsatzstarke Extrahieren und Reinigen von RNA-Fragmenten (> 200 nt) aus Zellkulturen, Geweben und Speichel. Kann bis zu 2*106 Zellen oder 30 mg Gewebe auf einmal verarbeiten. Die typische Ergiebigkeit beträgt bis zu 20 µg (je nach Probenmaterial) und RIN > 9 (Zellen), > 7 (Gewebe). Dieses Kit hat viele Vorteile: Es kann unter anderem ein DNA-Verdauungsschritt hinzugefügt werden, um zu gewährleisten, dass die eluierte RNA frei von DNA-Kontamination ist.
MACHEREY-NAGEL NucleoSpin 96 Gewebekit
Perfekt für das durchsatzstarke Extrahieren und Reinigen von genomischer DNA mit hohem Molekulargewicht und einer Fragmentlänge von ca. 300 bp bis 50 kbp. DNA kann aus tierischen Gewebeproben oder tierischen/bakteriellen Zellen extrahiert werden. Die Ergiebigkeit liegt typischerweise bei bis zu 25 µg (je nach Probenmaterial), das Elutionsvolumen bei 100 bis 200 µl. Die bereinigte DNA kann anschließend direkt für eine Vielzahl von Nachfolgeapplikationen eingesetzt werden, darunter PCR, Southern Blotting, Genotypisierung, NGS oder jede Art von enzymatischer Reaktion.
MACHEREY-NAGEL NucleoSpin 96 Plasmid-Kit
Ermöglicht paralleles Extrahieren und Reinigen von Plasmid-DNA mit hoher Kopienzahl und einer Vektorgröße von weniger als 25 kbp. Die typische Ergiebigkeit liegt bei 4 bis 6 µg pro ml E.coli-Kultur, mit einem Endotoxingehalt von > 50 EU/µg DNA. Die Extrakte eignen sich für zahlreiche Nachfolgeapplikationen, wie z. B. Klonen oder Sequenzieren.
MACHEREY-NAGEL NucleoSpin 96 Plasmid-Transfektionskit
Zum durchsatzstarken Extrahieren und Bereinigen von transfektionsfähiger E.coli-Plasmid-DNA mit hoher Kopienzahl und einer Vektorgröße von weniger als 25 kbp sowie sehr niedrigem Endotoxingehalt (< 50 EU/µg DNA). Die bereinigte Plasmid-DNA eignet sich zum Klonen und Sequenzieren, zur Restriktionsanalyse und Transfektion von Standardzelllinien. Das Miniprep-Protokoll für dieses Kit beruht auf alkalischer Lyse und ist für das Bereinigen von Plasmid-DNA aus nur 1 bis 5 ml Bakterienkultur optimiert, was typischerweise einer Ergiebigkeit von 5 bis 20 µg entspricht.
Zukunftssichere Technologie
Klinische Forschungs- und Diagnostiklabors stehen unter zunehmendem Druck, eine wachsende Zahl biologischer Proben immer schneller zu verarbeiten, wodurch Zeit eine immer wertvollere Ressource wird. Der Durchsatz beim Extrahieren und Bereinigen von DNA und RNA muss in Zukunft erheblich gesteigert werden, um das größere Arbeitsaufkommen zu bewältigen. Arbeitsintensive und zeitaufwändige manuelle Verfahren sind somit heutzutage unzureichend.
Der ASSIST PLUS ist für Arbeitsabläufe der Nukleinsäure-Extraktion, beispielsweise bei PCR-Tests auf SARS-CoV-2, bestens geeignet und mit einer großen Bandbreite von Kits und Methoden kompatibel. Das Gerät ist ohne komplexe Installation betriebsbereit und der Anwender braucht keine kostbare Zeit für spezielle Schulungen oder zum Entwickeln neuer Protokolle aufzuwenden. Aufgrund seiner Flexibilität leistet dieses System immer gute Dienste im Labor und vereinfacht vielerlei biowissenschaftliche und diagnostische Aufgaben mit weitreichenden Applikationen.
Haben Sie Fragen zu den NucleoSpin 96-Probenextraktionskits von MACHEREY-NAGEL, zu Vertriebskontakten oder Liefermöglichkeiten? Dann setzen Sie sich bitte direkt mit dem Team des technischen Supports von MACHEREY-NAGEL in Verbindung. Nutzen Sie dazu die nachstehenden Kontaktangaben oder füllen Sie das Kontaktformular aus, um Unterstützung zu erhalten.
E-Mail: [email protected]
Tel.: +49 24 21 969 270