Étape 1 : Préparation des échantillons : aliquotage et extraction d'acide nucléique

Aliquotage/reformatage

Différents types d'échantillons, tels que du sang ou des tissus, sont collectés dans des tubes primaires. L'aliquotage ou le reformatage consiste à transférer une partie de chaque échantillon des tubes primaires dans un format adapté à l'extraction des acides nucléiques ou au stockage à long terme.

Nos solutions : nous recommandons d'utiliser le robot de pipetage ASSIST PLUS pour automatiser une pipette à écartement automatique des pointes VOYAGER pour cette étape. L'ASSIST PLUS fait progresser la science au sein même de votre laboratoire en effectuant les tâches de pipetage de routine sans intervention manuelle. Il s'agit d'une plateforme polyvalente qui peut automatiser toutes nos pipettes électroniques multicanaux VOYAGER et VIAFLO, ainsi que le module de pipetage monocanal D-ONE.

Consultez notre note d'application avec des scripts prêts à l'emploi pour en savoir plus sur la manière dont l'ASSIST PLUS peut être utilisé pour reformater des échantillons de tubes en plaques.

Si vous préférez un travail manuel, le VOYAGER peut également être utilisé sans l'ASSIST PLUS. L'écartement automatique des pointes par simple pression d'un bouton augmente la productivité en permettant de déplacer simultanément plusieurs échantillons entre différents formats de matériel de laboratoire.

Extraction d'acide nucléique

Les acides nucléiques peuvent être extraits à l'aide de différentes méthodes, y compris grâce aux billes magnétiques. Ensuite, l'ADN et/ou l'ARN extraits font l'objet d'un premier contrôle qualité afin de répondre aux exigences de préparation des librairies. Les évaluations de la qualité peuvent inclure des mesures de concentration basées sur la fluorescence, l'électrophorèse sur gel pour vérifier leur intégrité et des mesures de densité optique pour détecter les contaminants (rapports A260/A280 et A260/A230).

Nos solutions : Si vous travaillez avec des billes magnétiques pour l'extraction d'acides nucléiques, nous vous recommandons d'utiliser les modules MAG ou HEATMAG avec le robot de pipetage ASSIST PLUS ou les pipettes électroniques à commande manuelle VIAFLO 96 et VIAFLO 384. Cela favorise des flux de travail de billes magnétiques semi-automatiques ou entièrement automatisés, qui éliminent les erreurs manuelles et optimisent la productivité et la reproductibilité. Les modules MAG et HEATMAG sont dotés d'aimants puissants qui se déplacent automatiquement vers le haut et vers le bas pour une collecte rapide et précise des billes. De plus, HEATMAG dispose d'un chauffage intégré et contrôlé jusqu'à 65 °C, ce qui permet d'augmenter l'efficacité de la lyse et de l'élution afin de maximiser les rendements.

Étape 2 : Préparation de la librairie : Préparation des acides nucléiques pour le séquençage

La préparation de la librairie convertit les fragments d'ADN ou d'ARN extraits en un format adapté au séquençage. La manipulation précise des liquides est essentielle pour assurer la cohérence et la reproductibilité, en particulier lors de l'utilisation de la sélection de taille basée sur les billes magnétiques pour obtenir des fragments d'ADN de taille correcte.

La préparation des librairies SNG comporte généralement trois étapes principales :

- Fragmentation : L'ADN est fragmenté par des méthodes physiques (par exemple, sonication) ou enzymatiques (par exemple, endonucléase non spécifique) afin de générer des morceaux plus petits et plus faciles à gérer, adaptés au séquençage.
- Génération de librairies SNG : Des adaptateurs spécifiques à la plateforme SNG sont ajoutés et des index (codes-barres) pour le multiplexage peuvent être incorporés pendant la PCR.
- Sélection de la taille/nettoyage : La librairie générée par PCR est purifiée pour éliminer les composants indésirables, tels que les amorces, les dimères d'amorces, les sels et les polymérases, ce qui permet d'obtenir un échantillon propre et prêt pour le séquençage. La sélection de la taille peut également être utilisée pour isoler la taille du fragment d'ADN souhaité pour le séquençage.

Les systèmes automatisés améliorent la précision, réduisent les erreurs humaines et améliorent la précision et la fiabilité des données de séquençage, tout en rationalisant les flux de travail.

Nos solutions : Le MIRO CANVAS est une plateforme microfluidique qui permet l'automatisation complète des protocoles de préparation de librairies SNG. Il peut effectuer la fragmentation enzymatique, les étapes de la PCR et le nettoyage des billes en une seule fois.

Consultez nos notes d'application sur la façon dont le MIRO CANVAS peut être utilisé pour automatiser les protocoles de préparation des librairies SNG.

Vous pouvez également combiner les modules MAG ou HEATMAG avec nos plateformes de manipulation de liquides de paillasse ASSIST PLUS, VIAFLO 96 ou VIAFLO 384 pour mettre en œuvre des flux de travail de billes magnétiques.

Consultez notre note d'application avec des scripts prêts à l'emploi sur la façon dont l'ASSIST PLUS peut être utilisé pour automatiser les flux de travail de sélection de taille SNG.

Étape 3 : Contrôle qualité : quantification, normalisation et regroupement

Le contrôle qualité garantit que la librairie est préparée correctement, ce qui réduit les erreurs, améliore la précision des données et permet d'obtenir des résultats de séquençage fiables. Ce processus peut être divisé en trois étapes :

- Quantification : Mesure de la concentration d'ADN dans la librairie pour s'assurer que la quantité correcte de matériel est chargée dans le séquenceur.
- Normalisation : Ajustement des concentrations d'échantillons à un niveau uniforme, garantissant une représentation égale de chaque échantillon lors du séquençage.
- Mise en commun : Combinaison d'échantillons normalisés en parts égales pour assurer une représentation équilibrée tout en maximisant l'efficacité et le débit du séquençage.

Notre solution : Les étapes de pipetage de la quantification, de la normalisation et du regroupement peuvent être automatisées à l'aide d'un robot de pipetage ASSIST PLUS associé à un module D-ONE. Cette solution permet d'effectuer des tâches complexes de manipulation de liquides en toute tranquillité et sans intervention manuelle, grâce à des commandes logicielles dédiées qui facilitent la création de listes de travail et la mise en œuvre d'étapes de pipetage.

Consultez notre note d'application avec des scripts prêts à l'emploi sur la façon dont l'ASSIST PLUS peut être utilisé pour automatiser les flux de travail de normalisation de l'ADN.

Étape 4 : Séquençage

La SNG peut être réalisée à l'aide d'une variété de technologies différentes, proposées par des sociétés telles qu'Illumina, Oxford Nanopore et PacBio. Consultez notre blog sur les méthodes de séquençage de l'ADN pour savoir comment fonctionnent les différentes techniques, et jetez un coup d'œil à notre blog Séquençage de Sanger vs SNG pour en savoir plus sur leurs avantages et leurs inconvénients.