Der beste Freund des Labortechnikers – Entschlüsselung des Hunde-Epigenoms für Fortschritte in der Onkologie
Beschleunigung der Hunde-Krebsforschung
Das Cho Lab des College of Veterinary Medicine erforscht im Rahmen seiner translationalen Forschung natürlich auftretende Tumore bei Hunden, um das Wissen über die Entstehung von Krebs bei Tieren und Menschen voranzubringen. Der Veterinärmedizin fehlt die große Menge an NGS-Daten, die die Krebsforschung für Menschen transformiert hat. Das koreanische Labor hat das erste entschlüsselte Hunde-Epigenom veröffentlicht, um auch die Zahl der NGS-Datensätze für Hunde deutlich zu erweitern.1 Diese Daten verwendet das Team inzwischen für Studien zur Krebsbiologie anhand von Organoiden, was aussagekräftige Beobachtungen im Rahmen der vergleichenden Medizin ermöglicht.
Die Forschenden im Cho Lab nutzen das sichere Absaugsystem VACUSAFE und das tragbare Absaugsystem VACUSIP für verschiedene Schritte in der Handhabung von Zellkulturen, Extraktion von Proben und der NGS-Bibliotheksvorbereitung. Borris D. Aldonza, Facility Manager im Labor, sagt: „Unser Hauptinteresse gilt der Untersuchung der biologischen Entwicklung natürlich vorkommender Krebserkrankungen bei nicht-menschlichen Säugetieren. Am College of Veterinary Medicine haben wir Zugang zu vielen verschiedenen Proben. Eine unserer täglichen Aufgaben ist die Mikrovolumenabsaugung. Die kompakten Systeme VACUSAFE und VACUSIP ermöglichen eine fein kontrollierte Aspiration mit der Genauigkeit, die wir für unsere NGS-Arbeiten benötigen, einschließlich unserer erfolgreichen Veröffentlichung des ersten Referenz-Epigenoms des Hundes.“
Absaugsysteme für effiziente und präzise Organoid-Handhabung
Das Cho Lab verwendet Organoidkulturen, um die Veränderungen des Hunde-Epigenoms während des Fortschreitens der Krebserkrankung zu untersuchen. Borris D. Aldonza fährt fort: „Wir generieren Organoide aus krebskranken Hundemodellen, um das fehlende Bindeglied – die Primärdaten – zu liefern und zuverlässigere, auf Hunde zugeschnittene Behandlungen und aussagekräftigere Beobachtungen im Vergleich zu menschlichen Organoiden zu ermöglichen. Alle unsere Labortisch-Zellkulturgeräte – einschließlich der Vakuum-Absaugsysteme – werden in unserer Organoid-Forschung eingesetzt, unter anderem für die Zellkultur, die Kulturpflege und grundlegende Aktivitäten im Rahmen der Probenahme. Ich hatte schon früher mit INTEGRAs Vakuum-Absaugsystemen gearbeitet und wusste bereits beim Einrichten unseres Labors, was wir für unsere Zellkulturen brauchten.“
„Unsere vorherigen Absaugsysteme hatten ein Fußpedal zur Steuerung, mit dem wir oft unabsichtlich die Organoide zusammen mit überschüssiger Flüssigkeit aspiriert haben. Dagegen hat die VACUBOY-Absaughilfe des VACUSAFE ein per Finger zu betätigendes Ventil, das den Vakuumfluss präzise reguliert und eine feinfühlige Steuerung über die Fingerspitzen ermöglicht. Der VACUSAFE hat außerdem mehrere Einstellungen der Vakuum-Intensität zur Kontrolle der Saugkraft. Das ist ideal für die Handhabung empfindlicher Proben wie unserer Organoide. Da wir die Aspirationsgeschwindigkeit so gut kontrollieren können, hat sich die Genauigkeit der Mikrovolumenabsaugung deutlich verbessert. Der VACUSIP ist perfekt für die tägliche Mikrovolumenabsaugung, da alle restlichen Probenflüssigkeiten aspiriert werden können – das wäre mit manuellen Pipetten unmöglich. So sparen wir bei unseren Mikrotiterplatten- und PCR-Platten-basierten Proben viel Zeit“, fügt er hinzu.
Weitere Expansion mit INTEGRAs Produkten
„Wir wollen das Labor vergrößern und somit unsere Zellkultur-Möglichkeiten und die Organoid-Forschung ausbauen. Wir planen, dafür mehr Absaugsysteme von INTEGRA zu beschaffen. Zusätzlich möchte das Labor für den steigenden Workload optimierte Liquid-Handling-Systeme einführen. Die tragbare elektronische Pipette MINI 96 ist ein perfekter Kandidat, zumal wir eine Fülle von Daten zum Wirkstoffscreening Tausender kleiner Moleküle für Organoide von Hunden und Menschen bereitstellen wollen. INTEGRAs Produkte haben uns bereits zu großen Erfolgen verholfen. Und wir wollen mit diesen robusten und verlässlichen Geräten die vergleichende Onkologie auch in Zukunft weiter voranbringen“, schließt er.
Weiterführende Informationen:
Literaturangaben
- Son KH, Aldonza MBD, Nam AR, et al. Integrative mapping of the dog epigenome: reference annotation for comparative inter-tissue and cross-species studies. bioRxiv. Online veröffentlicht 22. Juli, 2022:2022.07.22.501075. doi:10.1101/2022.07.22.501075